VM architecture

Global overview

File system

• /opt : application folder

  ontoportal@localhost:/opt$ tree -L 1
  .
  ├── mgrep
  ├── ontoportal
  │   ├── agroportal_deployment
  │   ├── agroportal_outline
  │   ├── bioportal_web_ui
  │   ├── ncbo_cron
  │   ├── ontologies_api
  │   └── virtual_appliance
  ├── solr
  ├── tomcat
  ├── virtuoso
  └── virtuoso-public

• /srv : data folder

  ontoportal@localhost:/srv$ tree -L 3
  .
  └── ontoportal
      └── data
          ├── analytics
          ├── fairness
          ├── mgrep
          ├── outline
          ├── redis_persistent
          ├── reports
          ├── repository
          ├── solr
          ├── tomcat
          ├── virtuoso
          └── virtuoso-public

• /etc/systemd/system : services folder

  ontoportal@localhost:/etc/systemd/system$ tree -L 1
  .
  ├── mgrep-lem.service
  ├── mgrep.service
  ├── ncbo_cron.service
  ├── ontoportal-firstboot.service
  ├── redis-server-goo_cache.service
  ├── redis-server-http_cache.service
  ├── redis-server-persistent.service
  ├── solr.service
  ├── tomcat.service
  ├── ui.service
  ├── unicorn.service
  ├── virtuoso-public.service
  ├── virtuoso.service
  ├── ....

• /etc/nginx : nginx folder

  ontoportal@localhost:/etc/nginx/sites-enabled$ tree -L 1
  .
  ├── ontologies_api.conf -> /etc/nginx/sites-available/ontologies_api.conf
  ├── ontoportal_web_ui.conf -> /etc/nginx/sites-available/ontoportal_web_ui.conf
  ├── services.agroportal.eu.conf -> /etc/nginx/sites-available/services.agroportal.eu.conf
  ├── sparql.agroportal.eu.conf -> /etc/nginx/sites-available/sparql.agroportal.eu.conf
  └── wiki.agroportal.eu.conf -> /etc/nginx/sites-available/wiki.agroportal.eu.conf

Users

• Ontoportal (can be root with sudo oproot)

• Ubuntu (can be root with sudo su or ontoportal with sudo su ontoportal)

• Root